– في عام 2004م حصل على موافقة رئيس جمهورية مصر العربية وإقرار مجلس الشعب على اتفاق المقر الموقع في القاهرة بتاريخ 27/5/2003م، بشأن تقنين وضعه بمصر.

– تطور الهيكل التنظيمي للمعهد، فانفصلت الدراسات الجغرافية عن الدراسات التاريخية، واستقل كل منهما بقسم، كما استقلت الدراسات الاقتصادية بقسم، والدراسات الاجتماعية بقسم آخر، وصار المعهد بهذا يتشكل من ستة أقسام هي هذه الأربعة وقسم الدراسات الأدبية واللغوية، وقسم الدراسات القانونية.

– بدأ العمل في برنامج الدكتوراه منذ العام الدراسي 1995 / 1996.

– استمر عطاء المعهد في هذه المجالات الستة حتى أضيف إليها قسم البحوث والدراسات السياسية، وقسم البحوث والدراسات الإعلامية.

– في عام 2002م افتتح المعهد قسمين جديدين: قسم البحوث والدراسات التربوية، وقسم علم المخطوطات وتحقيق النصوص.

– في عام 2016 أنشئ قسم جديد لبحوث ودراسات الإدارة، ليكون القسم الحادي عشر معبرا عن مواكبة المعهد للمتغيرات التي يشهدها العالم عمومًا والوطن العربي على جهة الخصوص، فيلبي احتياجات الدارسين من أبناء الأمة العربية وغيرهم في مجالات الإدارة العامة وإدارة الأعمال من المنظور العربي الذي يتميز به المعهد عن غيره من المؤسسات العلمية المناظرة.

– في هذا العام الأكاديمي 2020 – 2021 أنشأ المعهد برنامج الماجستير في الدراسات العربية، وهو ماجستير أكاديمي يقدم تخصصا عامًّا يتناول الشؤون العربية، ويندرج تحته عدد من التخصصات الفرعية في العلوم السياسية، والاقتصاد، والإعلام، والاجتماع، والأدب العربي، والتاريخ.